Bazuar në një qasje ndër-sektoriale, objektivat e Institutit Ndërfetar në lidhje me bashkësitë fetare janë përcaktuar si më poshtë:
1. Të forcojë bashkësitë fetare, pas regjimit komunist, veçanërisht:
• të forcojë respektimin e identiteteve fetare
• të mësojë dhe të japi informacion për përkatesinë dhe besimin e vet fetar dhe besimin e të tjerëve për te ndërtuar marrëdhënie besimi reciprok
• të mbështesë të rinjtë dhe gratë për të marrë një rol aktiv në komunitetet e tyre
• të forcojë familjet si mbajtës dhe promovues të vlerave dhe traditave
2. Të iniciojë, zhvillojë dhe ekzekutojë aktivitete ndërfetare për promovimin etolerancës dhe bashkëjetesës paqësore në Shqipëri, dhe dhënien e një shembulli për rajonin e Ballkanit dhe Evropën, veçanërisht:
• të sigurojë hapësira për komunikim ndërfetar, takime dhe ndërtim të komunitetit për të luftuar paragjykimet dhe për të promovuar një mentalitet të hapur ndaj njëri-tjetrit.
• të inkurajojë bashkësitë fetare të luajnë një rol aktiv në shoqërinë civile shqiptare
• të ndërtojnë kompetencat kryesore të shekullit 21, të tillasi të menduarit kritik, bashkëpunimi dhe puna ne grup ose marrja e vendimeve të përbashkëta në lidhje me zhvillimin personal dhe shoqërinë civile
• të nxisë bashkëpunimin midis bashkësive fetare, aktorëve publik dhe privat, arsimit dhe akademisë, dhe medias.